Что означает стояли мушки в произведении толстого Детство Никиты

Для того, чтобы понять значение слова, необходимо рассмотреть его в контексте.

"Вверху, над купальней, в солнечном свете, стояли мушки".

Таким образом, становится понятно, что слово "мушки" - это уменьшительно-ласкательный вариант слова мухи. Автор использует глагол "стояли", потому что вблизи водоемов часто находятся маленькие черные мухи, которые очень быстро передвигая крылышками, летают на одном месте, почти неподвижно, что создает впечатление, будто они стоят черной тучей над водой.