They usually eat / are usually eating at two o'clock in the afternoon.

Действие, описываемое в предложении, является регулярным, на это указывает обстоятельство usually (обычно). Поэтому глагол необходимо употребить во времени Present Simple, то есть в форме инфинитива без частицы to:

They usually eat at two o'clock in the afternoon. - Они обычно едят в два часа дня.