Когда в конце предложения стоит именно"In time ", то что нужно ставить to go или to come to school IN TIME.?

Come to school in time. - Приходить в школу вовремя.

Глагол "to go" употребляется в значении "идти, ходить, ехать", т. е. направляться куда-либо:

1) go to the park - идти в парк;

2) to go on the road - идти по дороге.

Глагол "to come" употребляется в значении "прийти, приехать":

1) come to work - прийти на работу;

2) he comes this morning - он приезжает сегодня утром.