She works ... school. she works ... shop. he works ... farm. he works ... cafe. she works ... office.

She works at school, she works at a shop, he works at a farm, he works in a cafe, she works in office.

in = в (внутри, т. е. по смыслу ближе к inside), on = на (буквально на чем-то), at = в, на (когда речь не идет о буквальном расположении внутри чего-то или на чем-то).

Например:

I study at school. - Я учусь в школе.

В этом предложении подразумевается около, внутри, рядом со школой или даже просто на территории школы. Т. е. суть не в том, что я учусь исключительно в здании школы (внутри школы), а это более абстрактное понятие.