Перевод Yes, she has. Has John got a pensil case in his school bag?

Во-первых подкорректирую задание и построение вопроса. Во-вторых, не совсем понятно в данном вопросе school bag сшкольная сумка) или schoolbag (портфель).

Перевести: Has John got a pencil case in his school bag? Yes, he has.

Перевод:

Есть ли у Джона пенал, в его школьной сумке? Да, у него есть.

Либо так:

Есть ли у Джона пенал, в его портфеле? Да, имеется.