Скажите что это не так he is not at school

He is not at school. - Yes, he is. He is at school.

Таким образом, если изначальное предложение с явным негативом или подразумевающимся (не только частичка "not", но еще и такие индикаторы как "hardly", "never", "no" и так далее), то, чтобы сказать, что мы с данным предложением не согласны, то мы строим позитивное предложение, а в кратком ответе-реплике ставим "Yes", несмотря на русский отрицательный перевод.