Почему в предложении написано he is good at tennis, а в вопросительном are you good in tennis? то есть at меняется на in

Скорее всего, вам встретилась опечатка или ошибка. В данном контексте "be good at" - это устойчивое выражение, означающее, что кто-то хорош в той или иной сфере, и в этом выражении используется предлог at. Во всяком случае, от вопросительной или утвердительной формы предложения употребление предлога в этом случае точно никак не зависит. Good in - неправильно.