В косвеную речь My mother asked me "where have I been do late?"

Для того, чтобы переделать предложение в косвенную речь, обратим внимание на время в прямой речи и речи автора:

Asked - глагол в Past Simple; have I been - конструкция в Present Perfect Tense.

Так как глагол в речи автора находится в прошедшем времени, то изменяем время в прямой речи с Present Perfect на Past Perfect; порядок слов в части с прямой речью должен быть такой же, как и в повествовательном предложении.

Получаем:

My mother asked me where I had been so late.