Как правильно yes, she have или yes, she has

Правильно будет yes, she has. П отому что has употребляется для 3-го лица единственного числа, а have для всех лиц, кроме 3-го лица единственного числа.

I have

You have

Hе / She / It has

Например:

1) I have two pens in my bag. - У меня есть две ручки в сумке.

2) You have a large collection of coins. - У тебя есть большая коллекция монет.

3) She has a nice blue dress. - У нее есть хорошее синее платье.