Будет ли происходить естественный отбор в однородной популяции, например, в популяции особей, вегетативно размножавшихся от одного растения?

Естественный отбор происходит всегда. Именно благодаря ему и происходит эволюция. Если взять один вид растений или животных и наблюдать за ними в лабораторных или природных условиях, то мы будем замечать, что естественный отбор происходит. Конечно, отсутствие других видов замедлит этот процесс, но болезни и другие, более сильные организмы этого вида, будут вытеснять слабых и больных особей. Особенно это будет касаться растений, насекомых и тех видов животных, у которых отсутствует чувство взаимопомощи.