Чем атомы отличаются отхимических элементов? Разве это не одно и то же?

Нет, это не одно и то же. Атомы - это мельчайшие частицы, из которых состоят все тела и вещества во Вселенной. Химические вещества состоят также из атомов. Например атом кислорода (O) это не то же самое, что молекула кислорода (O2), т. е. уже химическое вещество. В молекуле кислорода целых 2 атома кислорода.