Почему емкость винчестера принципиально больше емкости дискеты?

Потому что дискеты технические менее совершенное устройство, чем жёсткий диск. В дискете магнитный диск не закрыт герметично в корпусе, поэтому любая пылинка может попасть внутрь. Чтобы достигнуть большей плотности записи, нужно закрыть герметично магнитный носитель и изолировать его от воздействий внешней среды. Ёмкость жёстких дисков потому и больше, что записывающая поверхность защищена от внешних воздействий, и появилась возможность располагать домены (носители битов) ближе друг к другу без боязни, что они будут разрушены пылью или магнитными полями, которые "убивают" дискету.