Почему литовская знать (наиболее богатая, знатная) недовольны союзом с Польшей?

Потому что литовская знать теряла свои привилегии и влияния. Союз с Польшей требовал также признать верховенство поляков. Так после заключения Люблинской унии во главе Польши и Литвы стал польский король. Это конечно означало, что позиции польской знати (шляхты) поднимутся, а литовская знать потеряет былое влияние. К тому же после объединения началось ущемление прав русского населения, что стало причиной последующих восстаний.