Во время войны между странами А и Б, страна А основала на занятой территории Б город, который стал столицей А за несколько лет до подписания мира между государствами (то есть де-юре стоял на территории противника). О каком городе идёт речь?

Речь идет о городе Санкт-Петербурге. Петр I в 1700 году начал войну со Швецией, в 1703 году была занята территория современного Санкт-Петербурге, то есть устье реки Нева, где существовала небольшая крепость Неиншанц.

В 1712 году Петербург стал столицей России, а в 1721 была провозглашена Российская империя.

Страны, о которых идет речь в тексте: Швеция и Россия.

Это уникальный случай в мировой истории - основание столицы на де-юре вражеской территории.