Когда буквы е, ю, я обозначают в слове слияние двух звуков; согласного звука и последующего гласного звука? А когда один гласный звук?

Буквы Е, Ё, Ю, Я могут играть в слове двойную роль:

обозначать один гласный звук и мягкость согласного, за которым стоят, например, м[м'и]ет[т'э]ель, кот[т'о]ёл, р[р'у]юкзак, п[п'а]ятнистый; обозначать звонкий сонорный и мягкий согласный [й'] и гласный звук, если находятся в начале слова, после гласной или разделительных твёрдого и мягкого знаков, например, [й'а]Япони[й'а]я, [й'о]ёмкость, расписани[й'и]е, игра[й'у]ю, подъ[й'о]ёмник, вь[й'у]южный.