Почему одни и те же слова иногда относят к самостоятельным частям речи, а иногда - к междометиям?

Слово может выступать и в роли существительного и междометия. Приведём примеры: Караул (существительное) стоял у дворца. Я крикнул: "Караул!" (междометие). Эти слова разнятся значением. В первом случае "караул" обозначает "охрана", то есть предмет, во втором случае оно выражает эмоции. Или: Лена кричала в коридоре: "Ау!" (междометие, так как выражает эмоции). Звонкое ау (существительное, так как обозначает предмет) раздалось в роще. Следовательно, всё зависит от значения слова.