Нужна ли запятая после слова это. Я считаю, что когда Иван Васильевич решил казнить купца это было несправедливо.

Да, запятая нужна. (предложение имеет 3 грамматических основы).

Правильное написание данного предложения:

Я считаю, что когда Иван Васильевич решил казнить купца, это было несправедливо.

Главные члены предложения:

я-подлежащее,

считаю-сказуемое,

Иван Васильевич - подлежащее,

решил казнить - составное сказуемое,

это-подлежащее,

было-сказуемое.