Кофе мужской или средний род?

В данном случае допустимы оба варианта. В разговорной речи можно говорить о кофе в среднем роде, эту ошибку поправлять не нужно. Однако в средствах массовой информации, составлении меню для общепитов, официальных документов допускается употребление данного слова только в мужском роде. Можно сказать, что на бумаге это слово всегда имеет мужской род. Неоднозначность здесь, благодаря окончанию - е, которое нетипично для слов мужского рода, а вот в словах среднего рода окончание - е мы встречаем значительно чаще.