Какие смысловые отношения в сложносочинённом предложении Не только гром гремел, но и ливень шёл третьи сутки

Не только гром гремел, но и ливень шёл третьи сутки - сложносочинённое предложение с градационным союзом не только ..., но и ...

Градационные союзы передают отношения, близкие к соединительным. Очень часто при разборе принимают во внимание только его вторую часть (но и) и ошибочно относят к противительным союзам. Чтобы не ошибиться, достаточно заменить этот двойной союз союзом и.

Ср.: Не только гром гремел, но и ливень шёл третьи сутки - Гром гремел и ливень шёл третьи сутки.

В этом предложение выражаются временные отношения. Гром гремел и шёл ливень - явления происходят одновременно.