Змея, я обозначает два звука?

Чтобы ответить на этот вопрос, составим фонетическую модель слова.

Змея:

з: [з] - согласный, звонкий парный, твёрдый парный.

м: [м'] - согласный, звонкий непарный, сонорный, мягкий парный.

е: [и] - гласный, безударный.

я: [й'] - согласный, звонкий непарный, сонорный, мягкий непарный.

[а] - гласный, ударный.

Из модели слова видно, что, да, буква я образует два звука: [й'] и [а].