Слова в течении (е) и в продолжении (е) всегда пишутся раздельно не зависимо какая часть речи, так? а зависит от части речи только окончание?

Данные слова могут быть как предлогами, так и существительными с предлогом. Но в любом случае все они пишутся раздельно.

От того, к какой части речи относятся данные слова, зависит только выбор окончания.

Если перед нами предлог (обозначающий какой-то временной отрезок), то на конце пишем букву "е": в течение, в продолжение.

Если мы имеем существительное с предлогом (течение, продолжение), то на конце ставим букву "и": в течении, в продолжении.