К какому склонению относятся существительные женского рода с окончанием (Ия)

У имён существительных (любого рода) нет окончания - ия.

В начальной форме имена существительные женского рода могут иметь окончание - а, - я или нулевое окончание.

В таких существительных женского рода, как, например, "бухгалтерия", "эпидемия", "парфюмерия", "калория", "баталия" окончание - я, а не - ия.

Соответственно, эти существительные относятся к первому склонению (женский или мужской род, окончание - а, - я).