Dan 1) cleaned 2) has cleaned 3) bad cleaned 4) was cleaning his room before his mother came back home как правильно?

Dan had cleaned his room before his mother came back home.

Дэн убрался в комнате до того, как его мама вернулась.

Past Perfect - прошедшее совершенное время

Время Past Perfect обозначает действие, которое завершилось до некоего момента в прошлом. Время Past Perfect образуется при помощи вспомогательного глагола to have в прошедшем времени и причастия прошедшего времени значимого глагола, то есть его "третьей формы".

To have в прошедшем времени имеет единственную форму had.

Причастие второе, или причастие прошедшего времени (Participle II), можно получить, прибавив к начальной форме значимого глагола окончание - ed.