Можем ли мы утверждать, что объем вещества в сосуде равняется сумме объемов молекул, из которых это вещество состоит?

Нет, не можем. Молекулы в веществе находятся на некотором расстоянии друг от друга. В твердых телах это расстояние меньше одной молекулы, в жидких примерно равно одной молекуле, а в газообразных больше одной молекулы. Таким образом, объем вещества состоит не только из молекул, но и промежутков между ними.