почему церковь при петре подчинялось государству

Потому что был создан Священный Синод, который фактически начал курировать все внутрицерковные дела в рамках этого органа. Петр просто не мог смириться с тем, что такой институт как Русская православная церковь не подчиняется ему напрямую, да и к тому же имеет колоссальное влияние на население всего государства. Таким образом Петр Первый смог подчинить такую мощную идеологическую базу и сделать так, чтобы церковь работала на него и его статус, чтобы она обосновала его императорский титул и право на него.