Есть ли противоречие в сочетании мертвые души?

Конечно же, со стороны теологии (богословия - наука о религии), душа является бессмертной. Поэтому такое выражение можно посчитать противоречивым. Но с точки зрения произведения Гоголя и жизни его можно назвать истинным. Нас порой часто окружают люди, которые заботятся о своих мелочных интересах, они не видят дальше собственного носа. А потому их души черствеют и в переносном смысле умирают. У них нет интереса ни до чего, они замкнуты в своих маленьких мирках и по сути умерли для Вселенной.