Почему слове племенной два суффикса а в слове клюквенный один?

Племенной - это слово образовано от слово племя, которое оканчивается на - мя, потому в слове племенной первый суффикс - ен-, и второй - н-.

Слово клюквенный образовано от клюква. Оно не относится к данному правилу, поэтому в нем один суффикс - енн-.