На какие три группы можно разделить пары слов? Был-бил, круг-крюк, жар-жир, шаль-шёл, цапля-цепь, нос-нёс, щука-щека, Саня-Сеня, чай-чек, брат-брать.

Данные слова можно разделить на 3 группы в зависимости от звукового состава. 1) Слова с парными по мягкости - твёрдости согласными звуками: б[б]ыл - б[б']ил, кр[р]уг - кр[р']юк, н[н]ос - н[н']ёс, С[с]аня - С[с']еня, брат[т] - брать[т']. 2) Слова с твёрдым согласным звуком, не имеющим мягкой пары: ж[ж]ар - ж[ж]ир, ш[ш]аль - ш[ш]ёл, ц[ц]апля - ц[ц]епь. 3) Слова с мягким согласным звуком, не имеющим твёрдой пары: щ[щ']ука - щ[щ']ека, ч[ч]ай[й'] - ч[ч']ек.