В каком из предложений пропущено две (именно две!) запятые? Немногие повторяю только немногие по-настоящему могут понять полёт авторской мысли. К неопубликованным авторским черновым наброскам имеют доступ только сам автор и его бета. Все дружно флудили а потом автор ни с того ни с сего обиделся. [Во всех.] [В этих предложениях не требуется столько запятых.]

Две запятые пропущены в первом предложении, так как оно сложное и состоит из двух частей: что делаю? - повторяю (сказуемое, выраженное глаголом) - это главная часть; кто? - немногие - это подлежащее, могут что сделать? - могут понять - это придаточная часть. Так как главная часть находится внутри придаточной, она выделяется запятыми с двух сторон: "Немногие, повторяю, только немногие по-настоящему могут понять полёт авторской мысли. Во 2-ом предложении нет запятых, в 3-ем - одна, перед союзом "А".