В случае невыполнениЕ заданиЕ или невыполнениЯ заданиЯ

В данном случае речь идет о склонении словосочетания. Это словосочетание с типом связи управление, поэтому рассмотрим главное слово - невыполнение (невыполнение (чего?) заданиЯ).

Определим падеж в двух предложенных случаях:

невыполнениЕ заданиЕ - вообще не может существовать. Правильный пример дан выше. (Если определяемое слово в именительном падеже).

В предложении "В случае невыполнениЯ заданиЯ" В случае (чего?) невыполнениЯ заданиЯ.