Они не влияют на появление новых биохимических реакций в тканях, а только запускают, усиливают или замедляют те реакции, которые обычно протекают в организме. Почему это предложение сложподчиннёное? Разве союз а не сочинительный?

Это сложноподчиненное предложение с придаточным определительным.

В главном предложении есть несколько однородных сказуемых, связанных сочинительными союзами: не влияют, а усиливают или замедляют.

Второе предложение Которые обычно происходят в организме - зависимое, соединяется при помощи союзного слова которые.