Почему кофе он а не оно?

В современном русском языке слово "кофе" мужского рода. Это слово заимствованное, и оно долго существовало в форме "кофий" (с ударением на "О") или в более просторечном варианте "кофей" (с ударением на "Е"). Оба эти названия мужского рода, их можно довольно часто встретить в произведениях литературы XIX века.

Постепенно эти формы вытеснялись вариантом "кофе", который лучше соотносится с написанием этого слова в европейских языках. Но мужской род слова "кофе" остался.

Дополнение

Существует шутка: хороший, вкусный кофе - без сомнения "он", а вот если кофе ниже среднего качества - то это уже "оно".