Один ученик утверждал, что если прочитать наоборот слово МОД, то получится слово ДОМ, а другой - что слово ТОМ. Кто из них прав? Почему?

По-своему прав каждый из учеников, в зависимости от того, что имел в виду каждый. Первый ученик, конечно же, имел в виду графическую (написание, отображение на письме) сторону слова "МОД" и просто прочитал слово в обратном порядке. У него получилось слово "ДОМ".

Второй ученик, по-видимому, не забыл о произношении слова, так как при произношении звонкие согласные на конце оглушаются. Наверное, он мысленно протранскрибировал слово и увидел [М О Т], а потом прочитал транскрипцию справа налево, у него получилось слово "ТОМ".