Но уже темнеют реки, тянет кверху дым костра. Отошли грибы, орехи ... смотришь, утром со двора скот не вышел. словосочетание в переносном значении?

Словосочетаниями в переносном значении являются:

1. Темнеют реки (возможно, если речь идёт о наступлении зимы, то становится холоднее, солнце светит не так ярко, дни короче и темнее, ночи длинные. Отсюда и реки уже не так блестят, становятся темнее);

2. Отошли грибы, орехи (то есть закончились, перестали расти; закончился сезон сбора; они пропали).