Where ... small shops что вместо точек with, was, wasn't, were, weren't?

Where were small shops? - Где маленькие магазины?

Этот вариант верный, так как магазины это множественное число и нужно употребить именно were. А возражение логически не подходит по смыслу.

where - где;

were - to be в прошедшем времени для множественного числа;

small - маленький;

shop - магазин.

Чтобы создать специальный вопрос в Past Simple Tense, нужно после вопросительного слова (where) и употребить необходимую форму глагола to be (was/were). Следом поставить подлежащее.