Как правильно отверстие в банке или банки?

Существительное банка женского рода с окончанием а в именительном падеже, следовательно, это существительное 1 го склонения.

Отверстие в чём? В банке. В банке стоит в форме предложного падежа. У существительного 1 го склонения в предложном падеже пишется окончание е.