Правильно ли расставлены запятые? Таким образом, нельзя не согласиться, с автором.

Правильная постановка знаков препинания:

Таким образом, нельзя не согласиться с автором.

Таким образом - вводная конструкция (не является членом предложения), необходимо обособить запятой.

Подлежащего в предложении нет.

(Что сделать?) нельзя не согласиться - составное глагольное сказуемое (глаголы).

Нельзя не согласиться (С кем?) с автором - простое дополнение (имя существительное).

В данном случае дополнение не нужно выделять запятой.