В каком из предложений пропущено две (именно две!) запятые? Появившись откуда-то из темноты, он успел уже пробежать через лужайку, двигаясь так легко и бесшумно, словно подгоняемое ветром плотное облачко черно-серого дыма. Но, по равнине пробегал лишь обычный осенний ветер такой же тихий и спокойный как текущая рядом река. На другое утро, едва раскрыв глаза, он увидел птиц: они проносились в воздухе, точно разноцветные камешки, брошенные в непостижимо чистый ручей, и, легонько звякнув, опускались на жестяную крышу гаража. Когда он проснулся, было три часа, в окна вливался яркий и веселый солнечный свет.

Перепишем все предложения с верной пунктуацией.

Появившись откуда-то из темноты, он успел уже пробежать через лужайку, двигаясь так легко и бесшумно, словно подгоняемое ветром плотное облачко черно-серого дыма. Но по равнине пробегал лишь обычный осенний ветер, такой же тихий и спокойный, как текущая рядом река. На другое утро, едва раскрыв глаза, он увидел птиц: они проносились в воздухе, точно разноцветные камешки, брошенные в непостижимо чистый ручей, и, легонько звякнув, опускались на жестяную крышу гаража. Когда он проснулся, было три часа, в окна вливался яркий и веселый солнечный свет.

Двух запятых не хватает во втором предложении: после слова "ветер" и после слова "спокойный.

Но по равнине пробегал лишь обычный осенний ветер, такой же тихий и спокойный, как текущая рядом река.

В этом предложении мы видим определительный и сравнительный обороты, которые и необходимо обособлять пунктуационно.