Они походили на шёпот птенцов которые пробудились в гнезде. Ставиться запитая? (Если ставиться то почему?)

Да ставится. Они походили на шепот птенцов, которые пробудились в гнезде. Это придаточное-определительное предложение, вопрос ставится от главного слова (птенцов) - каких?, которые пробудились ...

В данном предложении ставится запятая перед словом "который", потому что это сложноподчиненное предложение с придаточным определительным.

Примеры сложноподчиненных предложений:

1. Я выбрала костюм, который на мне хорошо сидит.

2. На школьное мероприятие пришел ученик, который выпустился несколько лет назад.

3. Меня радует, что все хорошо закончилось.

4. Ты совершаешь поступок, который повлечет за собой множество негативных последствий.