Почему запятая ставится в предложении: Он был мохнатый, весь в тёмных пятнах.

Разберем предложение по членам:

(Кто?) он - подлежащее (местоимение).

Он (Что делал?) был - сказуемое (глагол).

Был (Какой?) мохнатый, в пятнах - однородные определения (имя прилагательное, имя существительное).

Пятнах (Каких?) темных - определение (имя прилагательное).

В данном контексте слово "мохнатый" и "в пятнах" являются однородными членами предложения по смыслу, поэтому их необходимо разделить запятой.